锦屏二级水电站工程属大型工程，工程等别为一等，永久性主要建筑物为1级建筑物。电站枢纽主要由首部拦河闸、引水系统、地下厂房三大部分组成，为一低闸、长隧洞、高水头、大容量引水式电站。首部拦河闸位于西雅砻江的猫猫滩，最大闸高37m，闸顶长162m，拦河闸共设5个闸孔，每孔宽12m。
引水系统由发电进水口、引水隧洞、上游调压室、高压管道、尾水调压室、尾水隧洞及尾水出口等建筑物组成。进水口采用开敞式联合进水布置，底板高程为1618m。引水系统采用一洞两机布置，共四条引水隧洞。引水隧洞平均长度16.6km，开挖直径12m，衬砌后直径11m，隧洞最大埋深达2525m。上游调压室采用阻抗+溢流式布置，大井直径24m，井高150.3m。引水隧洞在大井底部分岔为两条高压管道，采用竖井式布置，竖井高259.2m，内径7m，下平洞段采用钢板衬砌，内径6m，在上平洞段高压管道进口设高压闸阀。尾水调压室采用了阻抗长廊式，尾水事故闸门设在尾水调压室内，尾水隧洞直径11m，出口底板高程为1310.5m。
地下厂房位于东雅砻江的大水沟，采用尾部开发方式，埋深300~470m。主、副厂房、主变室，尾水调压室三大洞室平行布置，还有进厂交通洞、通风洞、排水洞、出线洞、母线洞、安全兼施工洞等，组成以三大洞室平行布置为主体的厂区地下洞室群。主厂房轴线方向为N60°E，开挖尺寸为335.2×25.2×75.1m。主厂房内安装八台单机容量为550MW的水轮发电机组，出线场布置在地面。